养殖水体中的有毒物质来源有两类：一类是外界污染引起的，另一类是由水体内部物质循环失调生成并积累的毒物，如硫化氢和氨、亚硝酸盐等含氮物质。池塘中氨的主要来源是人工投喂的饲料。小龙虾摄食饲料消化后的排泄物，可作为氮肥促进浮游植物的生长，并由此带来水中溶解氧的增加。适量的铵态氮是有益的营养盐类，但过多则阻碍小龙虾的生命活动，抑制小龙虾的生长。特别是有机物质大量存在时，异养细菌分解产生的氨和亚硝化细菌作用产生的亚硝酸盐都有可能引起小龙虾中毒。
硫化氢是水体中厌氧分解的产物，对水生生物有极高的毒性，危害甚大，有明显的刺激性臭味。
水生动物的泌氨作用。养殖生物密度越大，泌氨作用就越高，水体氨氮也大幅增加；含氮有机物、硝酸盐、亚硝酸盐在水体缺氧情况下，通过厌氧菌作用产生氨。
亚硝酸盐是氮元素在水体循环过程中的中间产物之一。正常的水体系统自净平衡状态下，氮循环正常，亚硝酸盐等有害物质不会超标。可现在随着养殖规模的日益扩大，超高的放养密度和集中投喂产生了大量的残饵、粪便和死亡的动植物尸体，这些有机物沉积于池底，在异养菌的作用下腐败发酵，产生大量含氮有害物质，使养殖水体水质迅速恶化，造成严重的自身污染，打破了水体的自净平衡状态，同时大量使用的消毒药物，把有害的和有益的细菌通通杀灭，浮游植物也遭受到殃及或同被扑灭，光合作用再度减弱，产氧与供氧机能更为不足，进而又会造成浮游动物大量死亡分解与氨氮物质的重复积累，势必造成硝化过程受阻，这就是水中氨氮和亚硝酸盐含量高的主要原因。然而，部分有害致病微生物往往是抗性极强，不易扑灭，反而又容易复发侵袭致病，造成养殖水体环境恶性的循环状态。此外在秋冬季节，池塘水温的突然变化，也会阻碍硝化细菌的作用，使亚硝酸盐的浓度增高。
在养殖水体中，溶氧的主要来源是水中浮游植物的光合作用，约占90%左右。在虾池保持浮游植物有一定肥度，对提高水体中的溶氧有较大作用。由此可见，合理的饲料投喂、有益藻类的培养能有效减少池中有机物的残留及加快有机物的分解。藻类的培育不仅能肥水，而且还能作为小龙虾天然的开口饲料；降低水体能见度，抑制蓝藻和青苔的爆发。所以养虾先养水，养水先养藻，好的藻相识养殖成功的关键。
