水体中有机物的产生、存在形态、迁移、转化和降解与水体中生物（包括微生物、浮游生物和养殖生物）的繁殖、生长和死亡腐解过程都有着密切的关系，对水体的物理性质及其许多无机成分的存在形式以及迁移过程也有重要影响。
天然水体内有机物的来源：
1.外来有机物。
来自有机废水和人工施肥投饵。所谓有机废水是指人类生活、生产活动以及禽畜产生的废物、废水。其主要成分是多糖、多肽、蛋白质、核酸、生物残骸、微生物以及许多人工合成的有机物，如有机农药、洗涤剂、有机化工原料等。
2.水体内部生成的有机物。
主要有四类：光合作用产物；浮游植物细胞外产物；水生动物的排泄废物；生物残骸及微生物等。
存在形态：
1. 颗粒有机物：它可在普通显微镜下观察，包括有生命的有机体（浮游动植物、细菌菌团、其中绝大部分是浮游植物）和无生命的有机颗粒。
2. 溶解有机物：包括胶体状态和真溶液状态的有机物；水中溶解性有机物可分为类脂物质、氨基酸、羟类、碳水化合物、维生素及腐殖质等。
有机物对水质和底质的影响：
天然水体中存在的一些氧化性与还原性的物质，决定了水的氧化还原状态。天然水中主要氧化性的物质使溶氧，而还原性物质主要是有机物。水中有机物较多，天然水的还原性较强，称此水为还原状态的水，此时水中的溶解氧含量偏低，从而决定了其他物质的存在形式是以还原态方式为主；水中有机物较少，天然水的氧化性较强，称此水为氧化态的水，此时水中的溶氧含量较高，从而决定了其他物质的存在形式是以氧化态方式为主。
有机物对浮游植物生长的影响：
在天然水中，无机营养盐是限制水体初级生产力的因素，但不是唯一因素。实验表明，某些有机物，特别是微量有机物与浮游植物的生长繁殖有着密切的关系。在水体中，除了已经发现的广泛分布的异养微生物外，很多藻类本身也能进行异养性营养。有不少藻类可以部分或全部地依靠溶解有机物生长。
有机物对养殖生产的影响：
在好气条件下，有机物降解矿化的产物中NH₄+，NO₃﹣，PO43-等，它们是水体中浮游植物生长必需的营养成分。水体中的有机碎屑，可以作为水生生物的天然饵料。因此，有机物是水体中潜在的肥源和饵料来源。然而，有机物的氧化过程中消耗大量的氧气，若水体不能保持丰富的溶氧，则会造成嫌气环境，致使还原性毒物积累，水质恶化。因此，水体中有机物对养殖生产的影响具有两重性。
