EM菌渗入水体后，其群体作用能杀死或抑制病原微生物和有害物质，调整养殖生态环境，增加水中溶氧量（氧气），促进养殖生态系中的正常菌群和有益藻类活化生长，保持养殖水体的生态平衡；
拌入饵料投喂，直接增强鱼类的吸收功能和防病抗逆能力，促进健壮生长。改善水质，减少发病。
EM菌主要作用为：
1、减少病原微生物和不良藻类、明显增强养殖对象的免疫力和抗病性，降低发病率，提高成活率。
2、增加有益微生物数量。水面浮游动物、有益藻类增多，特别是红虫不断增多至布满水面。
3、稳定和改善水质，水体颜色清爽，不臭不腐，无硫化氢、氨气等异味，能见度在25－50cm的时间长且较稳定，换水时间可延长2倍以上。
4、鱼虾粪、池底杂质和下脚料不会变成淤泥而呈散沙状。
5、促进生长，增重率明显提高。
EM液配置及方法：
配置方法：
以制作50公斤菌液为例子原料准备：能够密封的塑料桶（容量50公斤以上）红糖（4斤）菌种（酵之源一袋2斤）无菌干净的水（深井水，凉开水，或者放置２天的自来水）
步骤1、先把塑料桶装入50公斤无菌干净的水。步骤2、取10公斤水加热融化4斤红糖，溶化后倒进步骤1中的塑料桶内。步骤3、把酵之源加入塑料桶的红糖水中，搅拌菌液，密封起来。步骤4、温度控制在30左右发酵2-3天，ph可以降到3左右即可使用。
EM菌使用方法：
1、水产养殖用EM菌液的方法
① 池塘处理：池塘注水前1周，用100－300倍的EM菌液稀释液和EM菌液制作的防虫液代替石灰、漂白粉等均匀喷洒，消毒和净化池塘。
② 水质净化，用EM菌液稀释液泼洒水面。视水质情况，开始15天1次，以后为1个月1次，水质较差的地方，适当缩短泼洒时间。
③疾病防治：如出现鱼浮头和泛塘现象，可用EM菌液稀释液均匀泼洒水面，3－5小时可好转，此后可隔1－2天再泼1－2次。
④ 用EM菌液拌饲料饲喂。
EM菌注意事项
不能与各种抗生素和杀菌剂等药物同时混用，如果混用，不仅不能发挥EM菌液的有效功能，而且会造成池水变臭，出现这种情况，要立即换水。
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